L’església, originàriament de tres naus, cobertes amb volta de canó i arcs torals i capçades de tres absis semicirculars. La nau de tramuntana, mig esfondrada, fou transformada en un seguit de capelles i l’absidiola, convertida en sagristia. Exteriorment, els absis són decorats amb lesenes i arcuacions cegues. Les pintures que decoraven l’absis central,  es troben al « Museum of Fine Arts » de Boston (EUA) , són considerades com una de les millors mostres de pintura romànica a l’estranger. D’altres restes de pintura es conserven al Museu d’Art de Catalunya i una petita part, molt recremades, in situ.

A ponent de l’església i bastant desplaçat de l’eix de la nau central hi ha el claustre, del segle XII, amb les dependències monàstiques. Aquesta ubicació, atípica, és forçada per la topografia del terreny, ja que, normalment, els claustres s’alcen al costat sud de l’església o en casos excepcionals al nord. Recentment, s’ha trobat a la nau central del temple, les restes del comte de Pallars Jussà Ramon V, mort a finals del segle XI.